Det var Gustaf Vasa som ville ha basen för sin örlogsflotta förlagd till Stockholm och det första varvet, som kallades Stockholms Skeppsgård, inrättades under hans ögon intill slottet Tre Kronor delvis på den plats som heter Logården (som f.ö. fått sitt namn av att man där förvarade ”lod”, d.v.s. de klotformade järnkulorna som användes till de grövre kanonerna). 1611 flyttades varvet till Blasieholmen.

Denna lilla holme har bl.a. tidigare hetat Käpplingen, i historien känd för de s.k. käpplingemorden, som ägde rum där1392 (eller möjligen 1389). Ett tyskt sällskap, som kallade sig hättebröderna, fångade och låste in ett stort antal stockholmska borgare i en träbyggnad på holmen och brände ner huset. (Händelsen kan ha varit ett led i tvekampen om Sveriges krona mellan Margareta av Danmark och Albrekt av Mecklenburg och hättebröderna lierade med vitaliebröderna, som genom kaparverksamhet bekämpade det Margareta-stödda Hansaväldet i Östersjön). Men namnet Blasieholmen har ön haft sedan 1500-talet. Somliga har hävdat att namnet kommit av en välbärgad och välkänd skotsk köpman på 1500-talet, Blasius Dundeij, som lär ha haft en badstuga på ön, men det har inte kunnat beläggas; och inte heller att helgonet S:t Blasius (en biskop som led martyrdöden på 300-talet och som visserligen dyrkades också i Norden) givit namn åt ön. I och med att Stockholms Skeppsgård flyttade till Blasieholmen kom holmen under en kort tid att heta Skeppsholmen.

På denna holme byggdes 1626-28 regalskeppet Vasa, som förliste under sin jungfrufärd (läs under Galärvarvet). En bra minimodell av holmen vid tidpunkten för skeppsbygget finns utställd på Vasamuseet. Kyrksamheten var viktig på den tiden och efter att varvet etablerat sig på holmen restes – sannolikt omkring 1620 - en enkel träkyrka på kullen ungefär där Fersenska palatset nu ligger. Kyrkan flyttades emellertid omkring 1630 till den lilla ön strax sydost om Blasieholmen, som då döptes till Kyrkholmen, för att ge plats åt ett amiralitetshus på kullen.

Kyrkholmen växte så småningom ihop med Blasieholmen, men den lilla träkyrkan, som kom att kallas Holmkyrkan, betjänade skeppsholmsförsamlingen ända till 1822 då den brann. Den ersattes först efter ett par decennier av Karl Johan-kyrkan på Skeppsholmen. Amiralitetshuset övergavs naturligtvis då varvet 1640 flyttades till nya Skeppsholmen (läs om detta under Skeppsholmen). På Holmkyrkans tomt byggdes Nationalmuseum vid mitten av 1800-talet.

Stockholms befolkning växte kraftigt under 1600-talet (från ca 10.000 år 1620 till ca  40.000 personer år 1660).  Folk hänvisades till malmarna, där det dock inte ansågs fint att bo. För att förbättra malmarnas rykte understöddes utflyttningen dit av kända adelssläkter. På Blasieholmen byggde sig t.ex. adelsfamiljerna Douglas, Fersen, Seved Bååt m.fl. ibland palatsliknade bostadshus. Blasieholmens karaktär av - som den kallades - ”distingerad halvö” förstärktes ytterligare när rika borgare på 1800-talet flyttade dit och byggde eller inredde hus i tidens pretentiösa arkitektursmak. Exempel på detta var grosshandlaren N.G.Sörensen, som byggde till och styrde ut Fersenska palatset, och fabrikören Jean Bolinder, som lät uppföra huset intill Grand Hotell. Bolinder lär ha varit en tillbakadragen person, som aldrig själv bebodde huset. Det uthyrdes till den kände brännvinskungen Lars Olsson Smith, som inredde huset på det mest överdådiga sätt som någonsin torde ha förekommit i Stockholm. Starkt bidragande till områdets karaktär var teatermannen Albert Ranfts populära Svenska Teatern, som dessvärre brann 1925.

Blasieholmen domineras nu av banker, såväl Skandinaviska Enskilda Banken som Handelsbanken (som även övertagit Fersen/Sörensenska palatset), Nationalmuseum, Grand Hotel (invigt 1874) och traditionella sällskap såsom Sällskapet (i fastigheten Arsenalsgatan 7) och Frimurarorden (i Bååtska palatset på Stallgatan/Blasieholmsgatan).

Orsaken till att Blasieholmen inkluderats i Sjögårdens område är inte bara dess historia som örlogsvarv utan också dess funktion som förtöjningsplats för gästande fartyg – vilket i synnerhet gäller kajerna mot Nybroviken där också de gamla skjulen fått stå kvar. I dessa kunde bl.a. maten tillredas för besättningarna på förtöjda fartyg, som på grund av brandrisken inte fick ha öppen eld ombord. På holmen håller också flera av Sjögårdens medlemmar till.